Para continuar con la saga, Ridley Scott quiso mostrar los orígenes de "Space Jockey" - el extraterrestre desconocido, que sólo tuvo una breve aparición en Alien, el octavo pasajero, como piloto fallecido de la nave espacial abandonada.
"Creo que sería genial volver atrás, porque me he hecho esa pregunta muchas veces: '¿De donde surgió el Alien?' La gente lo quiere realmente saber de una manera muy visceral", dijo Sigourney Weaver.
Ridley Scott propuso a Carl Erik Rinsch para dirigir la película, pero la 20th Century Fox, que posee los derechos de la franquicia, quiso a Scott como director.
En un principio, Ridley Scott quiso hacer la película en 2 partes y en 3D.
La película exploraría la naturaleza, el origen y la "civilización asombrosa"de la raza alienígena del Space Jockey, así como el papel antropogenético ficticio de los seres en los orígenes de la humanidad en la Tierra. Tales ideas fueron "parcialmente" inspiradas en los escritos sobre antiguos astronautas de Erich von Däniken.
Ridley Scott dijo a The Hollywood Reporter, "La NASA y el Vaticano coinciden en que es casi matemáticamente imposible que podamos estar donde estamos hoy sin que hubiera habido una pequeña ayuda en el camino... Eso es lo que estamos contemplando en el película, algunas de las ideas de Erich von Däniken de cómo surgieron los humanos".
En mayo de 2009, Fox informó por primera vez el proyecto como un "reboot" a la franquicia Alien, manifestándose poco después como una precuela sin título de Alien.
Ridley Scott y Sigourney Weaver manifestaron su interés en trabajar nuevamente en la saga.
Desde principios de la década de 2000, una quinta entrega en la franquicia Alien había estado bajo consideración. James Cameron había trabajado inicialmente en una historia para tal entrega; se trataba de explorar los orígenes de las criaturas Alien. Sin embargo, Cameron abandonó el proyecto después de conocer que Fox estaba persiguiendo Alien vs. Predator, un argumento que sintió que "destruiría la validez de la franquicia".
La fotografía principal comenzó en marzo de 2011, con la filmación teniendo lugar en Inglaterra, Islandia y España.
Concebida como una precuela de Alien, el octavo pasajero, el guión reescribe la película desarrollándose en una historia aparte sin relación con las películas de la franquicia Alien. Según Ridley Scott, aunque la película comparte "cadenas de ADN de Alien", Prometheus explorará su propia mitología y universo y no está directamente ligada a Alien.
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